嵩山少林寺创建于北魏太和十九年（公元495年），地处中原腹地，交通发达，与都城洛阳隔山相望。孝文帝为了安置他所敬仰的印度高僧跋陀，在嵩山少室山北麓敕建少林寺。跋陀收有两位高徒，其一为慧光，律学巨匠；另一为僧稠，被誉为“葱岭以东，禅学之最。”永平元年（公元506年），印度高僧勒拿摩提和菩提流支，先后来到少林寺，开辟译场，少林寺西台舍利塔后建翻经堂，由慧光助译，共同翻译印度世亲菩萨《十地经论》，历经三年完成。《十地经论》翻出后，慧光在少林寺弘扬师说，内容包括《四分律》。慧光弟子主要有法上、道凭、灵衍、道云、道晖、灵隐等。《四分》一宗之确立，实始于慧光。《四分》在少林寺内传承有序。少林早期律学，以《四分》为先，先导之以戒行、律学，然后学之以经论。少林弟子沿此双轨并进，成果累累。至初唐，根基已固，律宗开山，水到渠成。唐长安四年（公元704年），义净自印度取经回国，至少林寺结戒坛，尽源于少林寺悠久的律学传统。

　　隋文帝崇佛，于开皇年间（581—600年）诏赐少林寺土地一百顷。隋朝初年，由于皇帝的赏赐，少林寺从此成为拥有众多农田和庞大寺产的大寺院。隋朝末年（618年），朝廷失政，群雄蜂起，天下大乱，拥有庞大寺产的少林寺，成为山贼攻击的目标，“僧徒拒之，塔院被焚”。为了保护寺产，少林寺僧人组织起武装力量与山贼官兵作战，少林功夫作为少林寺的武装力量初步形成。唐武德二年（619年），隋将军王世充在洛阳称帝，号“郑国”。其侄王仁则占据少林寺属地柏縠坞，建辕州城。武德四年（621年），少林寺昙宗等十三位僧人，擒拿王仁则，夺取辕州城，归顺了秦王李世民。三天后，李世民派特使来少林寺宣慰，参战僧人皆受到封赏，昙宗还被封为大将军僧，并赐给少林寺柏縠坞田地四十顷。少林寺自此以武勇闻名于世。少林僧众习武蔚然成风，代代相传。

　　在唐代，少林寺为当时禅学重镇。唐弘道元年（683年），达摩禅派重要领袖法如禅师驻锡少林寺，六年后圆寂于少林寺。当时著名禅师如慧安、元珪、灵运、同光等，皆驻锡于少林寺。一代名僧玄奘法师（600—664年）曾先后两次上表，请求入少林寺修禅译经，却未获准。新罗国僧慧昭（774—850年）于元和五年（810年）入少林寺修禅多年，公元830年回国建玉泉寺，圆寂后谥号“真鉴国师”。随着达摩开创的禅宗教派兴盛并成为中国佛教最大宗派后，特别是进入宋朝（十世纪）以后，少林寺开始成为禅宗教派的朝圣地。为了纪念达摩，在少林寺后山达摩曾经坐禅传法的地方，修建初祖庵，并建立高大的“面壁之塔”。

　　蒙古族建立后的元朝，少林寺名僧辈出，是少林的第二个辉煌时期。少林寺作为禅宗祖庭，曹洞宗法脉回归祖庭，人才济济，高僧辈出，由此开启了少林寺一个最辉煌的时代，为该时期中国禅宗教派之轴心。元代中期，以邵元为代表的一批日本僧人到少林寺求法，成为中日文化交流史上的佳话。雪庭福裕禅师住持少林寺期间，还创立了寺院宗法门头制度，使少林寺僧人皆视少林寺为家，成为明朝（1368—1644年）少林功夫武术水平崛起和体系及门派形成的重要基础。

　　明王朝是在汉人反抗蒙古人的战争中建立的。所以，在冷兵器时代的明朝，民间习武风气盛行。这是少林功夫武术水平精进和体系、门派形成的大环境。明朝近三百年间，是少林功夫武术水平大发展时期。少林寺僧人至少有六次受朝廷征调，参与官方的战争活动，屡建功勋，多次受到朝廷的嘉奖，并在少林寺树碑立坊修殿。少林功夫也在实战中经受了检验，少林功夫威名远扬，也因此确立了少林功夫在全国武术界的权威地位。少林功夫对少林寺僧人参战地区（河南、山东、江苏、浙江、福建、云南等）和游方地区（河南伏牛山、四川峨眉山、云南鸡足山等）的武术起源和发展，都产生了深远的影响。少林功夫的武术技艺，也达到了前所未有的水平，得到了同行及全社会的普遍认可。同时，少林功夫的理论得到了空前发展，著述之繁，现已无法统计。其中流传至今的有四部重要武术著作：明释洪转《梦绿堂枪法》、明程宗猷《少林棍法阐宗》、清吴殳《手臂录》和清张孔昭《拳经拳法》。

　　据明万历九年（1581年）王士性《嵩游记》，此时少林寺僧人达到“八百余僧”规模。按少林寺宗法门头制度，除了少林寺常住院执事僧以外，其他僧人都是分散在各个宗法门头内。佛教组织的基本原则是游方制度，核心内容开放，也就是僧人进出的自由权。但在少林寺宗法门头组织结构内部，僧人们师承关系又是相对单一和稳定的，他们要严格遵守宗法传承制度。除非特殊原因，僧人们不会频繁流动。少林寺宗法门头制度具有开放和稳定的双重性，对于少林功夫的发展和传承，尤其是少林功夫体系和门派的形成，都有着非常重要的作用。

　　满清入关建立政权以后，受战乱影响，此时的少林寺僧人规模逐渐缩小。清朝廷对少林寺非常重视。雍正十三年（1735年），皇帝亲览寺院规划图，审定方案，重建了山门，并重修了千佛殿。乾隆十五年（1750年），乾隆皇帝亲临少林寺，夜宿方丈室，并亲笔题诗立碑。少林寺僧人白天照常经课坐禅，夜间坚持在少林寺最隐蔽的后殿——千佛殿，习武不辍，以至大殿地面因长期练功发力形成陷坑，至今遗迹仍存。从清朝白衣殿壁画和文献记载，少林功夫在清朝以来，仍维持着很高的水平。

　　民国期间（1911—1949年），少林寺遭受了一场人为的重大火灾。一九二八年，军阀混战，殃及少林寺，大雄宝殿、藏经阁楼等重要建筑及典藏，皆被烧毁，损失惨重。

　　中华人民共和国建立以后，特别是二十世纪八十年代政府颁布新的宗教政策以来，随着国家的开放政策和全球多元文化时代的到来，少林寺继承和发扬自己独特的优良传统,先后恢复禅堂，每年举行精进禅七。收集整理古籍善本，少林寺藏经阁已被国家列为全国古籍重点保护单位，并整理出版《中国佛教医药全书》、《中华武藏》等多部著作。广泛开展中外文化交流活动。少林文化已被世界越来越多的民族认同，成为连接世界人民友谊的纽带。在世界各地热爱中国文化的人们心目中，少林文化成了中华传统文化的象征。